Capítulos 1-3. Se describe Yonville-l’Abbaye, a ocho leguas de Ruán, con su iglesia, su albergue del León de Oro y su elenco: la señora Lefrançois, el farmacéutico Homais, que ejerce ilegalmente la medicina y habla en clichés de progreso y ciencia; el cura Bournisien; el recaudador Binet; y León Dupuis, un pasante de notario joven, sensible y lector. Nace la hija de Emma, a la que quería poner un nombre novelesco y a la que llaman Berthe; la manda a criar a una nodriza y no siente lo que esperaba sentir. Con León encuentra por primera vez a alguien que ha leído los mismos libros y que se aburre igual, y los dos mantienen una amistad de conversación sostenida y no declarada.
Capítulos 4-6. La relación crece sin llegar a nada: paseos, la manta que se le cae, un tejido de bordado, silencios. Emma se refugia alternativamente en el arrebato religioso y en el orden doméstico exagerado. León, viendo que no hay salida, se marcha a París a terminar la carrera de derecho. Emma queda peor que antes, y aparece por primera vez Lheureux, el comerciante de telas y prestamista del pueblo, que le ofrece género a crédito con una amabilidad de la que la novela ya ha dicho que es mortal.
Capítulos 7-9. En los comicios agrícolas de Yonville aparece Rodolphe Boulanger, propietario de una finca cercana, treinta y cuatro años, experto y sin escrúpulos, que decide seducirla en el momento en que la ve. La escena de los comicios es la más citada del libro: Rodolphe le declama a Emma sobre el destino y las almas superiores en el primer piso del ayuntamiento, mientras por la ventana entra el discurso del jurado premiando abonos, cerdos y a una criada de setenta y cuatro años por cincuenta y cuatro de servicio. Días después, en un paseo a caballo por el bosque, Emma se convierte en su amante y vuelve a casa repitiéndose que tiene un amante, encantada de por fin parecerse a alguien de un libro. Empieza a hacer locuras: sale de madrugada a la finca de Rodolphe, le regala una fusta y un sello, le escribe cartas largas, se endeuda con Lheureux para pagar los regalos.
Capítulos 10-13. Rodolphe se cansa de la exaltación. Emma tiene una crisis de virtud y vuelve a su marido; Homais convence a Charles de operar el pie zopo del mozo del albergue, Hipólito, para hacerse un nombre, y la operación sale tan mal que hay que amputarle la pierna por gangrena. El fracaso destruye lo poco que Emma respetaba de su marido y la devuelve a Rodolphe con más urgencia. Le propone huir juntos con la niña; se fija fecha, se compra un baúl, se prepara la maleta. La víspera, Rodolphe escribe una carta de renuncia en la que se declara indigno de ella, la esconde en un cesto de albaricoques para hacerla llegar, deja caer sobre el papel unas gotas de agua para simular lágrimas y se marcha de viaje. Emma sube al desván a leerla, siente la tentación de tirarse por la ventana y la llaman a cenar; esa noche cae con una fiebre cerebral que dura cuarenta y tres días.
Capítulos 14-15. Convaleciente, Emma pasa por una fase de misticismo, encarga libros piadosos y reparte limosnas. Charles, arruinado por los gastos de la enfermedad y por las facturas que van llegando, acepta el consejo de Homais y lleva a su mujer a la ópera de Ruán a ver Lucía de Lammermoor. En el entreacto se encuentran con León, vuelto de París.